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STM32的時鐘數相當復雜。 高級高性能總線AHB，外圍總線APB。
AHB可由HSE，HSI，PLL輸入。直接輸出至SDIO，FSMC，HCLH（用于AHB總線，核，內存，DMA），可經ADC模塊分頻器輸入ADC1，2，3（ADC最大頻率為14M），可二分頻后輸入（SDIO AHB interface，固定頻率HCLK/2），也可輸入值外圍總線APB。
外圍總線分高速外圍總線（APB2，最高輸出72M）和低速外圍總線（APB1，最高輸出36M），APB1可輸出至PCLK1，或者輸出至TIM2--TIM7（可選倍頻），APB2可輸出至PCLK2，或者輸出至TIM1和TIM8（可選倍頻）。
另外PLLCLK直接輸入至USB預分頻器，可分頻1，1.5，USBCLK僅能選48M。
SYSCLK直接輸入至I2S2，I2S3。
單片機時鐘輸出（MCO）可選SYSCLK，HSI，HSE，和PLLCLK/2（最高輸出50M，因IO口限制）.
RTC時鐘可由HSE/128，LSE，LSI輸入。
看門狗定時器由LSI提供，打開看門狗，LSI自動開啟，而且無法關閉。
HSE具有保護系統CSS，失效后自動切換HSI，若經鎖相環輸入，則鎖相環同樣關閉。
HSI可微調，步進值40KHZ。
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